学习笔记｜fmri_4 预处理 co- register segment normalize smooth SPM12

到这里可以往回看预处理包括哪些步骤：可视化（Visualization）、去伪影（Artifact removal）、时间配准（Slice time correction）、头动校正（Motion correction/realign）、生理噪音校正（Correction for physiological effect）、结构功能配准（Co-registration）、标准化（Normalization）和时空间滤波（Spatial and temporal filtering）。
注：很多教程的预处理步骤都不太一样，按需找教程参考。

链接：https://zhuanlan.zhihu.com/p/22385985
附一个知乎链接，fmri概念讲解比较简洁清楚

下面就接着记录motion correction之后的预处理步骤，motion之类的操作见学习笔记｜fmri_3

视频链接：https://b23.tv/ixIeQb 从28min开始，因为之前的视频p6到p7直接跳到1st level analysis（fMRI数据分析：从MRI理论讲解到SPM操作，https://www.bilibili.com/video/BV1Vt411c7D5?p=6）。
缺少后续预处理教程，所以换一个看，补充一下。

1 co- register

把不同被试的大脑放到标准空间里，为了和后面MNI标准大脑对到一起。
根据结构像定位功能像，把功能图像上的点定位在有着较高分辨率的结构图像上。

定中点

参考下面的链接做前面的原点矫正，然后再做co register
使用spm进行原点校正
http://blog.sina.com.cn/s/blog_a1f9cadd0102y6nd.html

co- register 点点点：

在Menu中选择co register，出现Batch Editor，有两个X需要选择

1、reference image： 是realign的步骤会生成一个mean的文件，选择mean文件，作为被试功能像的参考

2、source image
结构像参考，也是T1像，一般在核磁数据的T1 文件夹里，找有T1关键字的文件夹，一般里面就是结构像的参考。 下面截图是跑过co register了，没跑之前只有一个020.img可以选为source image。选完两个参考，run

co register结果

T1的文件夹中会出现带r前缀的新文件，可以再选择mean文件和r020.img做比较，看配准的结果如何。
点点点：选Menu最下面的窗口 Check reg——选T1文件夹下新生成的文件 如r020.img——再选择任务文件夹中的mean文件。

然后就可以比较一下配准结果，类似看一下有没有脑区在脑壳外的？【再补充】

2 segment

目的：对结构像的原像进行分割，一般切割为白质、灰质和脑脊液。
点点点：Menu的segment——volume，添加结构像，T1最开始的结构像数据——点击save biased correted，在current item下选择save biased correted——拉到最底下，deformation fields，选择Forward。

新数据

下面几张nii分别就是拆出来的结构数据（.nii都是这步跑出来的）

3 Normalize

目的：将个人脑图像与脑标准模板（atlas template）配准
点点点：点击Menu Normalize：write—— Data双击 出现Deformation field，选择T1文件夹下y开头的文件——然后Images to write下选择r开头的数据——voxel seizes改为[3 3 3]（默认是2 2 2）
会生成一批w开头的新数据

【啊。。。从这步我的头开始歪了，感觉是T1 y文件的问题，稍后在看】

4 Smooth

比较简单
点点点：输入数据和修改FWHM

到这步预处理就结束了，最后会再生成带s前缀的数据。