薛定谔 | 诱导契合对接(结合位点柔性)

所谓诱导契合对接说的直白点就是在对接过程中，不仅小分子改变pose(姿势),结合空腔中的氨基酸残基位置也会改变。即配体和受体双向奔赴的过程。

1. prepare protein模块对蛋白预处理；

此步对蛋白去除无用链、去除结晶分子、去除水分子、加氢、能量最小化。

2. ligprep模块对配体分子预处理；

对配体分子质子化、生成所有可能的同分异构体。

3. 选择Induced Fit Docking模块开始对接

• ① 选择需要对接的配体分子；
• ② 选择配体分子构象采样强度（Standard/Extended Sampling）;
• ③ 选择盒子中心位置和大小。

• ① Docking参数设定栏；
• ② 手动选择空腔可变动残基（当然也可以选择Automatic模式,让程序根据受体分子B因子自行确定活性空腔内的哪些残基可变）

输入需要变动的残基编号（间隔的用逗号隔开，连续的用“-”连接），点击“Add”添加。

最后，点击run运行。